最近蛋白质研究的一个新领域引起了人们的关注,它被雄心勃勃地称为‘从头设计蛋白质’。M.Mutter认为,设计予定立体构象的多肽顺序的工作由于对蛋白质折迭与拓扑结构的规律认识有限而受到阻碍。将化学合成的非天然的链用于构建蛋白质可以克服从头合成(de novo design)蛋白质时遇到的这种困难。

【科研中国SeiEI.com整理】新华网上海10月7日报道：在日前出版的国际权威学术刊物《自然生物技术》网络版上．一篇题为《应用多维自动荧光显微技术分析蛋白质的拓扑结构和功能》的论文引人注目，并且被选作这一期刊物的封面文章。

辛纳毒蛋白和克木毒蛋白是本实验室纯化的2种新RIP,它们的作用位点是大鼠肝核糖体285rRNA的A4324.足迹分析表明除 A4324位外,其上、下文的鸟苷酸、腺苷酸也是辛纳毒蛋白和克木毒蛋白的识别位点.辛纳毒蛋白或克木毒蛋白修饰大鼠肝核糖体后,其rRNA的拓扑结构发生了变化,rRNA茎环结构中的双链区相对增多,核糖体的整体拓扑结构也随之变化,80 S核糖体减少,60 S和 40 S亚基增多.以上结果表明“S/R结构域”修饰后所引发的rRNA及核糖体拓扑结 ...

对东洞庭湖7个采样站点的浮游生物群落进行了DNA多态性的RAPD指纹分析和物种组成的分类鉴定,并通过聚类分析探讨了DNA指纹拓扑结构与物种组成对应关系。结果如下:(1)筛选出的11条随机引物共获得148条长度在180~2000bp的谱带,多态率为98.6%,各引物扩增谱带数在11~16不等;各站点平均有57.6条谱带,其中站最多(70条),站最少(45条),而站的特有带最多(7条),站最少(2条);(2)共观察到54种/类浮游生物,其中站出现的最多(27),其它各站点在7~13不等,分布概率在8 ...

采用最大似然法(ML法)、最大简约法(MP法)、邻接法(NJ法)对来自角蟾科Megophryidae(Anura)8属17种及外群2种共25条400bp左右的线粒体16S rRNA序列进行系统发育关系分析。结果表明，用于分析的所有角蟾科物种形成两大支，第一支包括Megophrys，Brachytarsophrys和Atympanophrys，第二支包括Leptobrachium，Leptolalax，Scutiger，Oreolalax和Vibrissaphora。支持将角蟾科划分为两大类群，即 ...

天花粉毒蛋白使核糖体失活的分子机制是它有ＲＮＡＮ－糖苷酶的作用。从樟树种子中纯化的两种新的核糖体失活蛋白（ＲＩＰ）——辛纳毒蛋白和克木毒蛋白也都具有ＲＮＡＮ－糖苷酶和依赖超螺旋结构的核酸内切酶活性。辛纳毒蛋白还有杀虫活性；克木毒蛋白还有超氧化物歧化酶活性。被ＲＮＡＮ－糖苷酶失活的核糖体用硼氢化钠还原或氨基酸加成反应可部分地复活，这表明失活的核糖体ＲＮＡ上产生的一个活泼醛基对其失活起着重要作用。工作中建立了荧光标记在凝胶上测定小分子ＲＮＡ序列和定性测定糖蛋白的两种新方法。

在基因组数据中,有20%～30%的产物被预测为跨膜蛋白,本文通过对膜蛋白拓扑结构预测方法进行分析,并评价其结果,为选择更合适的拓扑结构预测方法预测膜蛋白结构。通过对目前已有的拓扑结构预测方法的评价分析,可以为我们在实际工作中提供重要的参考。比如对一个未知拓扑结构的跨膜蛋白序列,我们可以先进行是否含有信号肽的预测,参考Polyphobius和SignalP两种方法,若两种方法预测结果不一致,综合上述对两种方法的评价,Polyphobius预测的综合能力较好,可取其预测的结果,一旦确定含有信号肽,则 ...

研究测定了19属33种中国瓢蜡蝉和1种外群(Paravarcia decapterix)的18S r DNA及无翅基因(Wg)部分DNA序列,并利用最大简约法(maximum parsimony,MP)和贝叶斯法(bayesian inference,BI)进行系统发育关系分析。研究结果表明:采用最大简约法和贝叶斯法2种分析方法获得的瓢蜡蝉科(Issidae)系统发育树的拓扑结构基本一致,将该科分为5个亚科:杯瓢蜡蝉亚科(Caliscelinae)、汤瓢蜡蝉亚科(Tonginae)、帕瓢蜡蝉亚科 ...

 林木的结构-功能模型(functional-structural tree modeling, FSTMs)是基于器官级组件构建的将植物结构和功能结合起来的一类模型, 在应用于成年树时需要解决拓扑结构复杂性和年轮分配模式普适性的问题。该文以18年生和41年生的油松 (Pinus tabulaeformis)成年树为研究对象, 将GreenLab模型应用到成年树的模拟中。采用破坏性取样, 实测了2株油松成年树的形态结构, 利用子结构模型解决成年树拓扑结构复杂性的问题, 引入年轮影响系数 ...

探讨了核糖体小亚基二级结构对真菌系统发育分析的影响。对用不同方法构建的系统发育树进行比较,结果表明结合二级结构信息的分析方法较传统方法产生了更为合理的拓扑结构。二级结构信息除用于优化序列比对外,还需整合到核酸替代模型中;恰当的序列比对方法、进化模型和建树运算法则有助于更加准确地揭示类群之间的亲缘关系。